En en el seu origen, la filosofia bizantina cristiana -els autors de la qual són contemporanis dels últims filòsofs pagans grecs-, arran del tancament de les escoles d'Atenes per Justinià (529), s’instal·la primer a Pèrsia i després en regions frontereres i té un cert aire de dissidència contra la teologia i la filosofia de l’Església de Constantinoble, el patriarca de la qual havia estat proclamat «primat» -bisbe principal- d’Alexandria, Antioquia i Jerusalem. Els primers filòsofs bizantins són nestorians i monofisites (l’heretgia vehicula el desig d’independència pel que fa a Constantinoble): partidaris respectivament de Nestori, que separava excessivament -segons les tesis considerades herètiques- les dues naturaleses, divina i humana, de Crist, assignant-los dues «persones», i d'Eutiques, qui sostenia que en Crist només hi havia una naturalesa, la divina; uns i altres s’enfronten en discussions teològiques més o menys "vestides" amb argumentacions filosòfiques sobre l’ortodòxia. En aquesta primera època, les personalitats filosòfiques més rellevants són Pau de Nísibe, o Pau de Basra († 571), i Teodor de Marw († 536), nestorians tots dos, i Sergi de Reschaina († 536), monofisita, als que s’ha d’afegir Joan Filopó, «el gramàtic», de l’escola filosòfica cristiana d’Alexandria, que per aquesta època escrivia contra Procle. Les figures del Pseudo-Dionisi Areopagita (s. VI) i de Joan Damascè (s. VIII) dialoguen amb la filosofia grega, tal com havien fet els grans pares Capadocis. Al final d’aquest període, el patriarca Foci (ca. 820-891) emprèn un cert renaixement intel·lectual després de les lluites internes entre els iconoclastes (enemics de les imatges) i els iconófils (partidaris de les imatges), que divideixen al país sencer; les seves obres, com Biblioteca, o Amphilokhia, són de caràcter enciclopèdic.